Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Wakatobi merupakan salah satu madrasah yang berciri khas agama yang ada di Kabupaten Wakatobi yang saat ini beralamatkan di Jl. Ki Hajar Dewantara No. 31 Kelurahan Mandati III Kecamatan Wangi-Wangi Selatan Kabupaten Wakatobi Provinsi Sulawesi Tenggara tepatnya Lintang -5.340548469040591 Bujur 123.54261696338654. dengan ketinggian ± 1 km dari permukaan air laut. Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Wakatobitelah memiliki izin operasional Nomor: 10 Tahun 1985 Tanggal 31 Juli 1985 di bawah pimpinan bapak Musa Rauf, BA yang merupakan pimpinan pertama dari madrasah itu sendiri.

Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Wakatobi berawal dari madrasah yang berstatus swasta (MAS Wangi-Wangi) yang saat itu masih menggunakan eks kantor camat Wangi – Wangi dekat Koramil sekarang. Berbagai prestasi akademik dan non akademik sampai tingkat nasional banyak diraih setiap tahunnya oleh siswa – siswi MAN 1 Wakatobi.

Madrasah ini melakukan ujian pertama kali sekitar tahun 1987-1988 dengan kepala Madrasah pertama Bapak Musa Rauf, BA.  Madrasah ini mulai diresmikan sebagai Madrasah Negeri dengan nama MAN Wangi-Wangi pada tahun 1995 dengan pimpinan Bapak Drs. Alimin dan tepatnya di gedung eks kantor camat Wangi-Wangi (sekarang gedung SKB) ada tahun yang sama.

Madrasah ini mendapatkan hibah tanah dari tokoh adat masyarakat Mandati, dan akhirnya madrasah ini telah memiliki gedung permanen saat itu masih 3 RKB yang berlokasi di Kel. Mandati III  sekarang.

Tahun 2002 madrasah mengalami pergantian kepemipinan yakni dikepalai oleh Khalifah, S.Pd., M.Pd. yang mana saat kepemimpinan beliau banyak mengalami kemajuan dan perkembangan terutama dalam pengadaan sarana prasarana di bidang olahraga seperti Lapangan Volley Ball, Basket Ball dan lompat jauh. Begitu pula gedung RKB bahkan pengadaan gedung Perpustakaan dan Lab IPA bahkan pengadaan pagar keliling.

Tahun 2008 setelah Khalifah, S.Pd., M.Pd. selaku kepala Madrasah di mutasi ke Kemenag Kab. Wakatobi sebagai Kepala Seksi Mapenda akhirnya kepemimpinannya digantikan oleh Bapak Drs. La Aru sampai 2017, Dan saat ini di bawah kepemimpinan bapak Laode Maurida, S.Ag pada tanggal 22 januari 2018 telah banyak perubahan yang signifikan. Kini madrasah ini telah memiliki sarana dan prasarana yang lengkap seperti tempat ibadah (Musholla), perpustakaan, Lab. IPA dan Lab.Komputer, Lab Agama dan lain sebagainya.

Tahun 2015 madrasah inipun telah mengalami pergantian nama yang awalnya dari MAN Wangi-Wangi menjadi MAN 1 WAKATOBI. Dan pada tahun ini pula mengalami perubahan Akreditas dari Akreditas B menjadi Akreditas A dengan nilai 89,00. Saat ini Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Wakatobitelah memiliki 17 Rombongan Belajar dengan jumlah peserta didik sebanyak 509 Orang dan tenaga pendidik sebanyak 42 Orang serta tenaga kependididikan sebanyak 2 Orang.